FSC森林認(rèn)證有兩種費(fèi)用：直接費(fèi)用即認(rèn)證本身的費(fèi)用和間接費(fèi)用即為滿足認(rèn)證要求，森林經(jīng)營單位在提高管理水平、調(diào)整經(jīng)營規(guī)劃、培訓(xùn)員工等方面所支付的費(fèi)用。多數(shù)情況下，后者比前者更高。

直接費(fèi)用

直接費(fèi)用又稱固定費(fèi)用，它包括：

森林評估和審計費(fèi)用；年度審計費(fèi)用。

影響因素有：認(rèn)證機(jī)構(gòu)評估的可行性；認(rèn)證實(shí)施的難易程度和規(guī)模；森林經(jīng)營單位管理體制的效果和透明度；森林經(jīng)營單位的大小、管理結(jié)構(gòu)的復(fù)雜程度、生物多樣性的豐富程度、社會環(huán)境的多樣性以及有關(guān)活動記錄的清晰程度。一般來說，熱帶雨林的認(rèn)證費(fèi)用要高于溫帶林，天然林的認(rèn)證費(fèi)用要高于人工林。

間接費(fèi)用

間接費(fèi)用又稱可變費(fèi)用，它與認(rèn)證單位實(shí)施的森林經(jīng)營體系質(zhì)量有關(guān)。良好的森林經(jīng)營體系就不必對現(xiàn)有的森林經(jīng)營長遠(yuǎn)規(guī)劃、森林作業(yè)操作規(guī)程做大的調(diào)整，也不必為培訓(xùn)、森林經(jīng)營等進(jìn)行更大的投入，從而減少為通過認(rèn)證而在這些方面所支付的費(fèi)用。

認(rèn)證費(fèi)用與認(rèn)證森林的規(guī)模相關(guān)。在同等經(jīng)營水平下，規(guī)模小的森林比規(guī)模大的森林的認(rèn)證費(fèi)用要高。